1.6.3.3. profile.py¶
Ce script permet l’affichage d’informations sur un fichier de profils (histogramme, carte, distribution, profil)
Ce script permet également de convertir un fichier de profil dans le format attendu, voir plus bas.
1.6.3.3.1. Préalables¶
Les profils pris en charge doivent respecter les conditions suivantes:
- avoir les dimensions ou variables représentant le code plateforme, le temps, la position et la profondeur.
- les variables à traiter doivent être représentées sur deux dimensions, la première correspondant au profil, la seconde à la profondeur.
1.6.3.3.2. Fonctionnement¶
Ce script permet d’afficher:
- les informations générales sur une liste de profils.
- le tracé d’un ou plusieurs profils.
- le tracé de l’histogramme des profils.
- le tracé d’une carte affichant les positions des profils.
- le tracé d’une carte affichant la distribution des profils (nombre par polygone).
1.6.3.3.3. Utilisation¶
Les options –time et –variables permettent respectivement la sélection d’une période de temps et les variables (par alias) à considérer.
L’attribut bbox est spécifique au tracé de carte, il définit l’emprise de la zone visualisée et n’agit pas sur la sélection des donnée.
La restriction de zone peut être réalisée par un ou plusieurs polygones. Dans le cas du tracé de carte:
- si aucun polygone n’est fourni, la carte affiche simplement la position des profils
- si un ou plusieurs polygones sont fourni, la carte affiche ceux ci avec la distribution des profils de chacun d’entre eux représenté par une couleur.
1.6.3.3.3.1. Définition des polygones¶
Un polygone est défini par un ensemble de cordonnées x,y (longitude,latitude).
L’option -p permet de spécifier un polygone sur ligne de coommande Exemple:
-p x1,y1,x2,y2,x3,y3,...
L’option –polyfile permet de spécifier un fichier de polygone
-3 50 -6 49
-6 48.5 -3 48.5
L’option –polysfile permet de spécifier un fichier de polygones avec un polygone par ligne
Exemple:
#-3 50 -6 49 -6 48 -3 47
-3 50 -6 49 -6 48.5 -3 48.5
-3 48.5 -6 48.5 -6 48 -3 47
Les lignes vides ou commencant par le caractère ‘#’ sont ignorées.
Les coordonées de polygone sont délimitées par des espaces ou virgules ‘,’
La partie décimale des coordonées est séparée de la partie entière par un point ‘.’
Toutes ces options de polygones peuvent être répétées.
1.6.3.3.3.2. Conversion d’un fichier de profils¶
profiles.py permet aussi de mettre en forme un fichier de profil dans un format attendu pour les tracés.
Les formats d’entrée et de sortie sont les même que ceux de merge_profiles.py.
Cependant, les fonctionnalités de cette conversion sont moindres que celles de merge_profiles.py.
- L’exemple suivant montre comment convertir un fichier, en specifiant:
- que les variables en sortie sont temperature et salinity, à partir de TEMP et PSAL
- force a utiliser la variable DEPH comme etant la variable de profondeur
profile.py input.nc -v temperature,TEMP -v salinity,PSAL -v depth,DEPH --convert output.nc
TODO: permettre de forcer l’utilisation d’une variable de pression pour le calcul des profondeurs
1.6.3.3.3.3. Usage¶
Usage: profile.py [options] [file1] [file2] [...]
Show profiles informations
Examples:
This will produce a map with the profiles position for the given variable:
profile.py profiles.nc -v temperature --dist
This will produce a map with the profiles distribution for the given variable and set of polygons:
profile.py profiles.nc -v temperature -t 2000,2005 --hist --dist -P data/polygon_manga/polygon_manga.txt
Options:
--version show program's version number and exit
-h, --help show this help message and exit
--cfgfile=CFGFILE Configuration file
--hist=n,units Plot profiles histogram with interval n,units (ex:
"1,month" , "2,weeks" , ...)
--dist Plot profiles distribution (position and, if polygons
are specified, the colored count of profiles per
polygon)
--drawpro Plot profiles position in distribution plot
--pro=PRO Plot a profile at specified comma separated indexes.
Ranges may also be specified using start:stop[:step]
notation, resulting in [start,...,stop[ indexes.
Example: 0,1,2:5,5:11:1 would plot profiles 0 to 10
-t TIME, --time=TIME Restrict timerange to be processed, format is
"datemin,datemax" with date format: "YYYY-mm-
ddTHH:MM:SS"
-b BBOX, --bbox=BBOX Set the map bounding box, format is
lon_min,lat_min,lon_max,lat_max
-v VARIABLES, --variables=VARIABLES
Variables to be processed. Ex: -v temperature.
Aliases may be specified using comma separated names
Ex: -v temperature,TEMP
Repeat this option for each required variable.
-p POLY, --poly=POLY Add a polygon for profile restriction and accounting,
polygon format is x1,y1,x2,y2,x3,y3,x4,y4... At least
4 couples must be set, otherwise if 4 values are set,
it is considered as lonmin,latmin,lonmax,latmax
--polyfile=POLYFILE Specify a polygon file containing couples coordinates
(in lat, lon order), with values separated by a
whitespace or coma
-P POLYSFILE, --polysfile=POLYSFILE
Specify a polygons file (one per line)
-o pattern, --output=pattern
Output files pattern (default: %(plot)s.png)
--convert=converted_profiles.nc
Convert given profile file(s) into a standard netcdf
output file. Variables must be specified using the -v
option.
--show Show figures
--nonetdcf3 Do not force saving converted file in NetCDF version 3
--debug Debug mode
Exemples d’utilisation:
- Production d’une carte avec le positionnement des profils:
- Production d’une carte avec la distribution des profils dans des polygones:
1.6.3.3.3.4. Aperçu des sorties¶
Profiles:
Histogramme:
Distribution (position):
Distribution (polygones):
